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Municípios que aderiram ao Programa Garantia Safra referente à colheita de 2019/2020 e iniciaram esse processo após a decretação do estado de emergência por conta da Covid-19 serão submetidos à metodologia diferenciada na verificação de perdas. A Confederação Nacional de Municípios (CNM) afirma em seu site que apoia a medida e entende ser necessária diante do cenário de calamidade da saúde pública vivenciado no país.
As cidades que constatarem indícios de prejuízos devem encaminhar, via sistema, o pedido de verificação de perdas e o técnico vistoriador não precisa ir à campo. O Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Mapa) definiu, a partir de solicitação dos Municípios, que o processo de análise das perdas na safra 2019/2020 será realizado por meio de três índices.
Dessa forma, os Municípios que atendem aos dispositivos previstos na Portaria 11/2020 onde for constatada perda em apenas um dos índices terão direito ao recebimento do pagamento dos recursos do Garantia Safra. A CNM considera essa decisão importante por reduzir o risco de contaminação dos técnicos da prefeitura e dos produtores que perderam a colheita em razão da seca ou do excesso de chuvas. Dúvidas podem ser esclarecidas pelo telefone (61) 2101-6654. Confira abaixo a tabela com os índices:
| Índice | Constatação de perda |
| Penalização hídrica com informações edafoclimáticas calculado pelo Instituto Nacional de Meteorologia – INMET; | Igual ou superior a 50% |
| Índice de Suprimento de Água para o Crescimento Vegetal – ISACV do Centro Nacional de Monitoramento e Alertas de Desastres Naturais – CEMADEN; | Igual ou superior a 4 |
| Pesquisa do Levantamento Sistemático da Produção Agrícola – LSPA/IBGE. | Igual ou superior a 50% |
