Os recursos também serão utilizados para o pagamento do Programa Nacional de Assistência Estudantil (PNAES), que oferece assistência a estudantes de baixa renda matriculados em cursos de graduação presencial das instituições federais de ensino superior, como apoio à moradia estudantil, alimentação, saúde e ao transporte. As ações são executadas pela própria instituição de ensino que recebe os recursos do MEC para os custeios.
A maior parte do valor, R$ 251,5 milhões, é destinada às universidades federais, incluindo repasses para os hospitais universitários. Já a Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica recebeu R$ 91,2 milhões. O restante, R$ 1,9 milhão, foi repassado ao Instituto Nacional de Educação de Surdos (Ines), ao Instituto Benjamin Constant (IBC) e à Fundação Joaquim Nabuco (Fundaj). Ao longo de 2021, o MEC autorizou o repasse de R$ 3,3 bilhões para as instituições federais vinculadas à pasta.
O processo de liberação financeira para as unidades vinculadas ao MEC cumpre o estabelecido na legislação que define que o pagamento das despesas ocorrerá mediante regular liquidação, estágio da execução da despesa pública que consiste em verificar o direito adquirido pelo credor, tendo por base os títulos e documentos comprobatórios do respectivo crédito.